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為什么我們需要靠譜的Pipeline Pilot系統(tǒng)

做科研數(shù)據(jù)處理的朋友大概都有過類似的經(jīng)歷：手里攢了一大堆來自不同實(shí)驗(yàn)設(shè)備、不同數(shù)據(jù)庫(kù)的研究數(shù)據(jù)，有簡(jiǎn)單的文本數(shù)值，也有復(fù)雜的化學(xué)結(jié)構(gòu)、生物序列和實(shí)驗(yàn)成像，這些數(shù)據(jù)格式不統(tǒng)一，存得雜亂零散，想要整合起來分析一次，光是整理數(shù)據(jù)就要花掉三五天，手動(dòng)處理不僅慢，還容易出錯(cuò)，等到真正開始分析的時(shí)候，靈感和耐心都已經(jīng)耗得差不多了。尤其是做企業(yè)級(jí)研發(fā)的團(tuán)隊(duì)，不同小組的分析流程不統(tǒng)一，成果沒法快速共享，協(xié)作起來全靠來回傳文件，效率低不說，還容易出錯(cuò)漏。

這個(gè)時(shí)候，一套能打通數(shù)據(jù)壁壘、自動(dòng)化分析流程的科學(xué)數(shù)據(jù)處理系統(tǒng)就成了剛需。而在眾多同類產(chǎn)品中，PipelinePilot口碑不錯(cuò)的系統(tǒng)一直受到不少科研團(tuán)隊(duì)和企業(yè)研發(fā)部門的認(rèn)可，它憑借靈活的流程定制能力和對(duì)多類型科學(xué)數(shù)據(jù)的兼容性，成為很多團(tuán)隊(duì)優(yōu)化研發(fā)流程的選擇。今天我們就從實(shí)際使用經(jīng)驗(yàn)出發(fā)，聊聊怎么選合適的Pipeline Pilot系統(tǒng)，也拆解一下這套系統(tǒng)的核心技術(shù)優(yōu)勢(shì)，給有需要的朋友做個(gè)參考。

Pipeline Pilot核心技術(shù)能力拆解

BIOVIA Pipeline Pilot作為一個(gè)圖形化的科學(xué)創(chuàng)新應(yīng)用平臺(tái)，它的核心優(yōu)勢(shì)其實(shí)藏在幾個(gè)很實(shí)用的設(shè)計(jì)里。首先就是它對(duì)多類型科學(xué)數(shù)據(jù)的兼容能力，不像很多專門針對(duì)某一類數(shù)據(jù)的分析工具，Pipeline Pilot既支持簡(jiǎn)單的文本、數(shù)字格式，也能輕松處理復(fù)雜的科學(xué)數(shù)據(jù)類型——不管是化學(xué)結(jié)構(gòu)、生物序列還是實(shí)驗(yàn)成像，都能在同一個(gè)平臺(tái)里統(tǒng)一處理，不用來回切換好幾個(gè)軟件，光是這一點(diǎn)就能省掉很多跨工具轉(zhuǎn)換的麻煩。

其次是它的圖形化流程定制能力，平臺(tái)里自帶了上千個(gè)功能組件，你可以根據(jù)自己的科研需求，像搭積木一樣把這些組件組合成符合自己使用習(xí)慣的數(shù)據(jù)處理流程，也就是平臺(tái)里說的Protocols。小到化合物性質(zhì)的計(jì)算篩選，大到海量研究數(shù)據(jù)的整合挖掘，都可以通過組合組件實(shí)現(xiàn)，不用自己從零開始寫復(fù)雜的代碼，對(duì)很多沒有專業(yè)編程背景的科研人員來說非常友好。比如我們之前做化合物庫(kù)的初步篩選，只需要把數(shù)據(jù)導(dǎo)入組件、性質(zhì)計(jì)算組件、篩選組件按順序連接起來，設(shè)置好篩選條件，就能讓系統(tǒng)自動(dòng)完成整個(gè)流程，不用手動(dòng)一個(gè)個(gè)算，節(jié)省了大量時(shí)間。

除此之外，Pipeline Pilot還提供了Web服務(wù)層接口，我們可以把自己搭建好的數(shù)據(jù)處理流程部署在服務(wù)器上，通過Web向團(tuán)隊(duì)內(nèi)部或者外部提供服務(wù)，這對(duì)于企業(yè)級(jí)的團(tuán)隊(duì)協(xié)作來說非常實(shí)用，不同地點(diǎn)的研發(fā)人員都可以隨時(shí)調(diào)用統(tǒng)一的分析流程，保證了結(jié)果的一致性，也提升了協(xié)作效率?，F(xiàn)在市面上很多做PipelinePilot實(shí)力系統(tǒng)的服務(wù)商，核心也是依托這些原生的技術(shù)優(yōu)勢(shì)，再配合自己的本地化服務(wù)，給用戶提供完整的使用支持。

選擇Pipeline Pilot系統(tǒng)服務(wù)商要關(guān)注這幾點(diǎn)

很多人在選Pipeline Pilot系統(tǒng)的時(shí)候，往往只關(guān)注軟件本身的功能，卻忽略了服務(wù)商的配套能力，實(shí)際上，后續(xù)的技術(shù)支持和服務(wù)才是能不能把軟件用好用透的關(guān)鍵，尤其是這類專業(yè)度很高的科研軟件，沒有靠譜的服務(wù)支持，很容易卡在某個(gè)環(huán)節(jié)，浪費(fèi)大量的時(shí)間。

首先要看服務(wù)商的合規(guī)性，專業(yè)軟件的正版授權(quán)是基礎(chǔ)，盜版軟件不僅有版權(quán)風(fēng)險(xiǎn)，還可能存在數(shù)據(jù)安全漏洞，對(duì)于科研團(tuán)隊(duì)和企業(yè)來說，數(shù)據(jù)安全和知識(shí)產(chǎn)權(quán)保護(hù)是重中之重，所以一定要選有正規(guī)授權(quán)渠道的服務(wù)商，靠譜的PipelinePilot誠(chéng)信軟件服務(wù)商，都會(huì)給用戶提供合規(guī)的正版授權(quán)，不會(huì)讓用戶在版權(quán)方面踩坑。

其次要看服務(wù)商的技術(shù)能力，這類專業(yè)科研軟件，遇到問題的時(shí)候能不能快速得到專業(yè)的解決，非常影響使用體驗(yàn)。好的服務(wù)商不會(huì)只賣軟件，還能給用戶提供從入門到高階的技術(shù)支持，小到基礎(chǔ)操作的問題，大到針對(duì)特定課題的工作流定制，都能給出專業(yè)的指導(dǎo)。比如很多新手剛接觸的時(shí)候，不知道怎么給特定的研究體系選組件、調(diào)參數(shù)，遇到計(jì)算不收斂的問題也不知道怎么排查，如果有專業(yè)的技術(shù)人員指導(dǎo)，就能少走很多彎路。

后還要看服務(wù)商的服務(wù)理念，能不能提供全程的支持，從初的需求分析、方案驗(yàn)證，到環(huán)境部署、人員培訓(xùn)，再到后續(xù)使用過程中的問題響應(yīng)，一套完整的服務(wù)流程能讓用戶用得更省心。很多團(tuán)隊(duì)買了軟件之后，遇到問題找不到人解決，后軟件只能放在那里落灰，非常浪費(fèi)資源，所以選服務(wù)商的時(shí)候，一定要提前了解清楚后續(xù)的服務(wù)保障。

新手入門Pipeline Pilot的幾個(gè)實(shí)用技巧

對(duì)于剛接觸Pipeline Pilot的新手來說，剛開始面對(duì)上千個(gè)功能組件，很容易不知道從哪里下手，我結(jié)合自己的使用經(jīng)驗(yàn)，整理了幾個(gè)實(shí)用的入門技巧，幫大家快速上手。

第一，先從簡(jiǎn)單的流程練手，不要一開始就嘗試搭建復(fù)雜的分析流程?？梢韵葟幕A(chǔ)的數(shù)據(jù)導(dǎo)入、簡(jiǎn)單篩選開始，熟悉組件的連接方式和參數(shù)設(shè)置，比如先做一個(gè)簡(jiǎn)單的化合物性質(zhì)計(jì)算流程，把數(shù)據(jù)導(dǎo)入組件、分子量計(jì)算組件、結(jié)果輸出組件連起來，跑一遍流程，看看輸出結(jié)果對(duì)不對(duì)，慢慢熟悉整個(gè)平臺(tái)的操作邏輯，之后再逐步增加復(fù)雜度，這樣學(xué)起來會(huì)輕松很多。

第二，學(xué)會(huì)利用平臺(tái)自帶的示例流程，Pipeline Pilot本身自帶了很多常用場(chǎng)景的示例流程，比如虛擬篩選、數(shù)據(jù)整合、結(jié)構(gòu)分析這些常見的需求，都有現(xiàn)成的示例可以參考，我們可以直接打開示例流程，看看別人是怎么組合組件、設(shè)置參數(shù)的，還可以根據(jù)自己的需求修改，比自己從零開始搭建要高效很多。

第三，不要盲目追求復(fù)雜功能，先滿足自己的核心需求。很多新手剛接觸的時(shí)候，總想把所有功能都試一遍，反而浪費(fèi)了很多時(shí)間，其實(shí)我們只需要先針對(duì)自己當(dāng)前的研究課題，把需要用到的功能摸透就可以，之后遇到新的需求再慢慢拓展，這樣學(xué)習(xí)的針對(duì)性更強(qiáng)，效率也更高。

后，一定要多跟有經(jīng)驗(yàn)的人交流，或者參加專業(yè)的培訓(xùn)，自學(xué)雖然也能學(xué)會(huì)，但很多踩過坑的經(jīng)驗(yàn)?zāi)軒湍愎?jié)省幾個(gè)月的摸索時(shí)間，靠譜的服務(wù)商一般都會(huì)提供配套的培訓(xùn)，這些培訓(xùn)內(nèi)容都是結(jié)合實(shí)際科研場(chǎng)景整理的，比網(wǎng)上零散的資料系統(tǒng)很多，能幫你快速建立完整的使用認(rèn)知。

企業(yè)級(jí)研發(fā)場(chǎng)景下Pipeline Pilot的實(shí)用價(jià)值

對(duì)于企業(yè)級(jí)的研發(fā)團(tuán)隊(duì)來說，Pipeline Pilot的價(jià)值不止是幫個(gè)人提高效率，更重要的是能優(yōu)化整個(gè)團(tuán)隊(duì)的研發(fā)流程，提升整體的協(xié)作能力。很多企業(yè)研發(fā)部門，之前不同小組都用自己的分析方法，同一個(gè)項(xiàng)目換個(gè)人做，結(jié)果可能就不一樣，流程沒法復(fù)用，知識(shí)也沒法沉淀，新來的員工要花很長(zhǎng)時(shí)間才能熟悉之前的工作。

而Pipeline Pilot可以把團(tuán)隊(duì)驗(yàn)證過的高效方法和流程封裝起來，部署在團(tuán)隊(duì)內(nèi)部，所有成員都用統(tǒng)一的流程做分析，既保證了結(jié)果的兼容性和可重復(fù)性，也方便了知識(shí)的沉淀和傳承，新員工只需要學(xué)會(huì)調(diào)用流程，就能快速上手工作，大大縮短了培訓(xùn)的時(shí)間。

同時(shí)，Pipeline Pilot能幫助企業(yè)整合現(xiàn)有的不兼容軟件工具和不同的數(shù)據(jù)庫(kù)，把這些分散的資源統(tǒng)一到同一個(gè)平臺(tái)里，不用再維護(hù)多個(gè)不同的系統(tǒng)，也能減少研發(fā)支持的費(fèi)用。之前接觸過一個(gè)制藥企業(yè)的研發(fā)團(tuán)隊(duì)，之前他們的化合物數(shù)據(jù)存在三個(gè)不同的數(shù)據(jù)庫(kù)里，每次做篩選都要從三個(gè)庫(kù)導(dǎo)數(shù)據(jù)，整合起來再分析，整個(gè)流程要花一周，用Pipeline Pilot搭建了自動(dòng)整合的流程之后，現(xiàn)在一天就能出結(jié)果，效率提升了不止一倍，還減少了手動(dòng)整合的錯(cuò)誤。

另外，通過自動(dòng)化日常的和分析過程，團(tuán)隊(duì)能把研發(fā)人員從重復(fù)的手工勞動(dòng)里解放出來，讓他們把更多時(shí)間花在核心的研究和創(chuàng)新上，很多團(tuán)隊(duì)反饋，用了Pipeline Pilot之后，研發(fā)項(xiàng)目的完成速度能提高不少，原本需要幾個(gè)月的項(xiàng)目，現(xiàn)在一兩個(gè)月就能完成，能幫助企業(yè)更快推出研發(fā)成果，搶占市場(chǎng)先機(jī)。目前市場(chǎng)上的PipelinePilot口碑不錯(cuò)的系統(tǒng)，在企業(yè)級(jí)場(chǎng)景的適配已經(jīng)比較成熟，能滿足不同行業(yè)研發(fā)的需求，不管是制藥、生物技術(shù)、材料科學(xué)，還是石油天然氣、消費(fèi)品研發(fā)，都能找到對(duì)應(yīng)的應(yīng)用方案。

常見使用問題排查經(jīng)驗(yàn)分享

在使用Pipeline Pilot的過程中，我們也會(huì)遇到一些常見的問題，這里給大家分享幾個(gè)常見問題的排查思路，遇到問題的時(shí)候可以先自己試著解決。

第一個(gè)常見問題就是流程運(yùn)行出錯(cuò)，結(jié)果不輸出。這種情況首先要檢查組件的連接有沒有問題，是不是哪個(gè)組件的輸入輸出端口接錯(cuò)了，其次再檢查每個(gè)組件的參數(shù)設(shè)置有沒有問題，比如文件路徑是不是正確，篩選條件的范圍是不是合理，很多時(shí)候都是小的參數(shù)設(shè)置錯(cuò)誤導(dǎo)致流程跑不出來，一步步檢查就能找到問題。

第二個(gè)常見問題是大批量數(shù)據(jù)處理的時(shí)候速度很慢。這種情況可以先看看是不是流程里有不必要的組件，或者參數(shù)設(shè)置得太精細(xì)導(dǎo)致計(jì)算量過大，另外也可以檢查一下服務(wù)器的資源占用，如果是部署在服務(wù)器上的流程，是不是同時(shí)運(yùn)行的任務(wù)太多，資源不夠用，適當(dāng)調(diào)整任務(wù)的并發(fā)數(shù)量，就能提升處理速度。

第三個(gè)問題是計(jì)算結(jié)果和預(yù)期不一樣，不知道是哪里出了問題。這種時(shí)候可以把流程拆成幾段，分段運(yùn)行看結(jié)果，比如從數(shù)據(jù)導(dǎo)入開始，每運(yùn)行一個(gè)組件就看一下輸出對(duì)不對(duì)，這樣就能快速定位到哪個(gè)組件出了問題，是輸入數(shù)據(jù)本身的問題，還是組件參數(shù)設(shè)置的問題，很多時(shí)候拆分排查比整體檢查要高效很多。

如果自己排查之后還是解決不了問題，就要及時(shí)聯(lián)系服務(wù)商的技術(shù)支持，專業(yè)的技術(shù)人員能快速幫你找到問題的根源，不用自己悶頭摸索好幾天，耽誤科研進(jìn)度。

怎么通過Pipeline Pilot提升科研成果的產(chǎn)出效率

很多團(tuán)隊(duì)用Pipeline Pilot，只是把它當(dāng)成一個(gè)數(shù)據(jù)處理工具，實(shí)際上如果用得好，它還能幫助我們提升科研成果的產(chǎn)出效率，讓我們更快得到可以發(fā)表的結(jié)果。

首先，Pipeline Pilot能幫我們快速得到可視化的結(jié)果，平臺(tái)本身支持定制化的結(jié)果報(bào)告，我們可以把處理好的數(shù)據(jù)和分析結(jié)果直接生成可視化的報(bào)告，不用自己再用其他軟件重新作圖整理，能節(jié)省很多整理結(jié)果的時(shí)間。而且實(shí)時(shí)的結(jié)果報(bào)告也能幫助我們更快更好地做出決策，比如實(shí)驗(yàn)方向是不是要調(diào)整，哪個(gè)方向更有前景，都能通過實(shí)時(shí)的結(jié)果更快判斷。

其次，Pipeline Pilot能幫助我們從海量的雜亂數(shù)據(jù)里挖掘出隱藏的知識(shí)，很多時(shí)候我們做了大量實(shí)驗(yàn)，攢了一大堆數(shù)據(jù)，但就是找不到數(shù)據(jù)里的規(guī)律，用Pipeline Pilot把這些數(shù)據(jù)整合起來，通過搭建對(duì)應(yīng)的挖掘流程，就能幫我們發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)里隱藏的關(guān)聯(lián)，給我們提供新的研究思路。

另外，通過搭建預(yù)測(cè)模型，我們可以提前對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行預(yù)測(cè)，減少很多不必要的實(shí)驗(yàn)，降低研發(fā)的費(fèi)用，比如在新材料研發(fā)的時(shí)候，我們可以先通過模型預(yù)測(cè)不同組分的性能，只選擇預(yù)測(cè)結(jié)果好的組分去做實(shí)驗(yàn)，不用一個(gè)個(gè)試，既節(jié)省了實(shí)驗(yàn)成本，也縮短了研發(fā)周期。在藥物研發(fā)里，也可以提前預(yù)測(cè)化合物的性質(zhì)，縮小篩選范圍，減少后續(xù)生化實(shí)驗(yàn)的工作量，降低研發(fā)的失敗風(fēng)險(xiǎn)。

在選擇這類系統(tǒng)的時(shí)候，我們也能看到，PipelinePilot實(shí)力系統(tǒng)的優(yōu)勢(shì)，就在于它能把這些功能整合到同一個(gè)平臺(tái)里，不用我們來回切換多個(gè)工具，就能完成從數(shù)據(jù)整合到分析出結(jié)果的全流程，大大提升了整個(gè)研發(fā)的效率。

接觸過不少科研團(tuán)隊(duì)，原本做一個(gè)方向的研究，光是數(shù)據(jù)處理和分析就要花掉一半的時(shí)間，用了Pipeline Pilot之后，大部分重復(fù)性的工作都自動(dòng)化了，能把更多時(shí)間花在研究設(shè)計(jì)和結(jié)果討論上，成果產(chǎn)出的速度也提升了很多。

選對(duì)專業(yè)的服務(wù)商，能讓我們?cè)谑褂肞ipeline Pilot的過程中少走很多彎路，也能讓軟件的功能得到充分發(fā)揮。東方科軟（北京）科技有限公司作為達(dá)索系統(tǒng)BIOVIA品牌的官方合作伙伴，在科研軟件服務(wù)領(lǐng)域積累了多年的經(jīng)驗(yàn)，團(tuán)隊(duì)核心成員都有深厚的學(xué)科背景和豐富的行業(yè)經(jīng)驗(yàn)，不僅能提供正規(guī)合規(guī)的正版授權(quán)，還能給用戶提供從需求分析到成果交付的端到端支持，不管是基礎(chǔ)的入門培訓(xùn)，還是針對(duì)特定課題的工作流定制，都能給用戶提供專業(yè)的指導(dǎo)。他們的技術(shù)響應(yīng)機(jī)制很高效，遇到問題能快速對(duì)接解決，不會(huì)讓用戶長(zhǎng)時(shí)間卡著進(jìn)度，對(duì)于想要用好Pipeline Pilot的團(tuán)隊(duì)來說，是一個(gè)值得考慮的選擇。